El Hospital Escuela surge como un centro asistencial y de docencia, en el área de medicina mediante un convenio suscrito el nueve 9 de agosto de 1968, por Arturo Quezada en su condición de Rector y representante Legal de la Universidad Nacional Autónoma de Honduras y, Antonio Peraza Casaca en su condición de Secretario de Estado en el Ministerio de Salud Pública y Asistencia Social de Honduras, con vigencia original de quince 15 años prorrogables, en el que se le asigna a la Universidad Nacional Autónoma de Honduras la Administración y Funcionamiento del Hospital.

El 10 de julio de 2012,  y a través del Decreto Ejecutivo No. PCM024-2012 el gobierno asignó a la Universidad Nacional Autónoma de Honduras la dirección, administración y funcionamiento del principal centro asistencial del paí­s, por los próximos 15 años (prorrogables) en la búsqueda de una mejor atención a los pacientes. 

Desde que la Universidad Nacional Autónoma de Honduras (UNAH) asumiera en el año 2012 la administración del Hospital Escuela Universitario (HEU), este  centro asistencial presentó diversos     cambios  para su mejoramiento con el propósito de cumplir la visión y misión institucional, alineadas al Plan de Nación y Visión de Paí­s.

 El hospital cuenta según CAPACIDAD INSTALADA con 1125 camas censables, 79 no censables para un total de 1,204 dotación de camas para 48 salas de hospitalización, pero se mantienen por la sobredemanda 1188 camas censables y 161 camas no censables para un total de 1,349 dotación de camas. Cuenta con 6 especialidades básicas y 55 sub-especialidades, siendo el único hospital Nacional ubicado en el Distrito Central, Francisco Morazán que atiende emergencias las 24 horas del dí­a, durante todo el año ininterrumpidamente. Teniendo 3 clí­nicas periféricas de emergencia menores con el fin de descongestionar las emergencias del hospital ubicada en sectores de mayor concentración poblacional, tales como: Las Crucitas (Zona norte en Comayagí¼ela), El Sitio (Salida al Municipio de Valle de íngeles) y Hato de En medio (Salida Oriente de la ciudad de Tegucigalpa).

MISIÓN

Somos una institución pública de servicios especializados de salud integral, oportuna y de alta calidad, siendo además una institución que contribuye al desarrollo cientí­fico de la salud y a la formación de recursos humanos a través de un proceso que incorpora las nuevas tendencias de atención en salud con una administración eficiente y transparente.

Contamos con personal especializado y entrenado para identificar la problemática de salud dando respuestas técnicas y cientí­ficas de acuerdo a nuestras posibilidades procurando con ello mejorar el estado de salud de la población a la que servimos.

VISIÓN 

Queremos ser un hospital público descentralizado, de especialidades, con vocación de liderazgo, servicio de investigación y docencia, que con el apoyo de organismos internacionales e instituciones filantrópicas podamos satisfacer integralmente las necesidades de atención en salud de la población con calidad, calidez y humanismo, contando con personal competente dispuesto, motivado y realizado con afán permanente de aprender, mejorar y honrar nuestros valores y principios éticos; velando por el respeto a los derechos y dignidad de nuestros usuarios.